電動アシスト自転車は保管場所に気遣うことにより、より長く快適に使用できます。

駐輪する場所は水平で水はけのよい場所に

電動アシスト自転車は通常の自転車に比べてバッテリーやモーターを搭載しているため、重量があります。万が一の転倒を防ぐため、駐輪しておく場所はできるだけ水平な場所をおすすめします。また、スイッチやモーターなどの電装系の部品は基本的に防水仕様となっているはずですが、水はけの悪い湿った場所では、サビや汗（内側に水滴が溜まる）などして故障の原因になる可能性があります。できるだけ水はけのよい乾燥した場所に保管することをおすすめします。

雨は当たらない方がいい

電動アシスト自転車は屋外での使用を想定しているため、基本的に防水仕様となっています。ヤマハのホームページのFAQには下記のように記載されています。

【質問】保管場所ですが雨に濡れても大丈夫ですか？
【回答】もちろん、大丈夫です。PASは日常防水性能を備えていますので、雨等がバッテリーボックスの端子部分にかかっても問題ありません。ただし、高圧洗車機での洗車は故障の原因となりますのでお止めください。http://www2.yamaha-motor.jp/FAQ/Pas/answer/cn/01/qn/10016/

また、パナソニックのFAQには下記の記載されています。

【質問】雨の日に濡れても大丈夫？
【回答】一般的に生活防水と言われている基準は満たしています。
電動アシスト自転車のうちバッテリー、モーターにつきましては、一般的に生活防水と呼ばれる基準を満たしておりますので、バッテリー、モーターともに正常に自転車に取り付けられた状態で雨がかかる程度の水であれば電気系統に問題はございません。http://pct.panasonic.co.jp/support/faq/answer_02.html#q10

上記のFAQでは2社とも問題無いと回答しています。しかしながら、場所がないなどやむを得ない場合は仕方がないですが、できれば雨風をしのげる場所に駐輪した方がいいでしょう。自転車にはアルミやステンレス、メッキなど雨にぬれても錆びない素材が使用されていたり、加工がされています。しかし、長年使用しているとどうしても部分的にサビが発生する場合があります。また、ライトなどは防滴構造になっていても、防水仕様ではないことがあり、雨が入り込む場合があります。できれば駐輪場や軒下など屋根のある場所での保管をおすすめします。

できれば直射日光を避けたほうがよい

直射日光があたると、部品が劣化して錆びたり、プラスチックが曇ったりなどの影響が出ることがあります。特に夏の日差しは強烈なため、紫外線による劣化や、高温による影響を受けることがあります。できれば、直射日光に当たらない場所に保管するといいでしょう。

風にも注意が必要

電動アシスト自転車は手元にスイッチがあったり、モーターやバッテリーなどの電気部品を積んでいます。強い風を受けて倒れた時に、衝撃によってこれらの電気部品が壊れる可能性があります。見た目は変わりなくても、配線が切れたり衝撃でセンサーが狂ったりすることも考えられます。このため、なるべく風が当たらない場所がいいでしょう。適当な場所がなく、屋外にカバーをかけて駐輪する場合は特に風に注意が必要です。カバーが風を受けると、普段以上に倒れやすくなります。物かげなどの風の当たらない場所にするか、どうしても難しい場合は、ヒモを結ぶなどして転倒しないようにすることをおすすめします。

バッテリーは外しておいたほうがいい

夜間や長期間乗らない場合は、バッテリーを外しておいたほうがいいでしょう。
バッテリーは温度による影響を強く受けます。例えばリチウムイオン電池の場合、高温になると劣化が進み寿命が短くなります。また低温時には性能が低下します。室内に置いておけば温度の影響を少なくすることができます。
また、バッテリーを外しておくと盗難を抑制する効果もあります。バッテリーが付いていない電動アシスト自転車は本来の性能を発揮しないため、それを盗もうとする人の意欲を低下させます。また、バッテリー自体の盗難も防ぐことができます。
以上の理由により、バッテリーは外しておくことをおすすめします。